1991年马其顿宣布独立。1993年10月我国与马其顿建交。
1996年9月7日至15日，应外经贸部部长吴仪邀请，马其顿副总理兼经济部长茹塔访华。双方草签《中华人民共和国政府和马其顿共和国政府关于鼓励和相互保护投资协定》并成立中马政府间经贸混委会。9月30日，沈阳市经贸委副主任汪宙率领经贸考察团访马。
1997年5月7日至10日，中国国际贸易促进委员会副会长崔玉山率团访马。10月27日至28日，北京市贸促会主任刘永德率团访马。
1998年3月2日至3日，中马政府间经贸混委会第二次会议在马其顿首都斯科普里召开。5月12日至22日，马其顿电力公司总经理扎罗夫和经济部副部长佩特鲁舍夫斯基来华签署中方承建马其顿科佳水电站项目协议。
2001年7月28日至30日，外经贸部部长助理何晓卫访马。12月10日至15日，马其顿经济部副部长别克夫斯基访华并参加第三次中马政府间经贸混委会会议。
2002年3月4日至7日，外经贸部部长助理何晓卫访马。
2003年5月29日， 中方负责在马其顿承建的“科佳”水电站项目正式蓄水。马总理布兰科·茨尔文科夫斯基出席蓄水仪式。
2004年4月13日，中马第四次经贸混委会在斯科普里召开。7月7日，中方承建的马“科佳”水电站第一台机组发电。9月，商务部副部长于广洲访马。9月8日至13日，马经济部长雅吉莫夫斯基出席“2004中国厦门投资贸易洽谈会”。9月，中方企业承建的“科佳”水电站项目全部竣工。
2006年4月，中马经贸混委会第5次会议在京召开。
据中国海关统计，2006年双边贸易额为3112万美元，同比增长-8.9%，其中中方出口2824万美元，进口288万美元，同比分别增长31.4%和-77.2%。2007年1-7月双边贸易额为3132万美元，同比增长80.0%，其中中方出口2881万美元，进口251万美元，同比分别增长78.2%和103.6%。 |
